В 3-4 секторах постепенно пробуждаются небольшое количество Извлекатель (Машина) и вдвое меньшее количество Разрушитель (Машина). Машины сосредотачиваются на добыче ресурсов и не производят наступательных операций
В течении 50 глобальных ходов после завершения времени первого этапа или после того, как игрок обнаружит 10 Тайны
В 6-8 секторах начинают просыпаться дополнительные Разрушитель (Машина), количество Извлекатель (Машина) тоже немного увеличивается, а свободные Разрушитель (Машина) начинают охранять большие месторождения ресурсов на планетах или скопления астероидов с многочисленными кластерами ресурсов
На противоположном от сектора, где находится корабль игрока, краю системы, просыпается первый Планетоид (Машина), по всей системе просыпаются дополнительные Разрушитель (Машина), которые целенаправленно собираются в группы и атакуют постройки игрока, включая автономные фабрики. Некоторые места с данными начинают охранять по одному Разрушитель (Машина)
После завершения третьего до коллапса звезды - максимум 100 ходов (если игрок доживает до этого, то незадолго до последнего возможного хода выводится сообщение "Внимание! Звезда R136a1 коллапсирует, мы станем свидетелями её разрушения!", после чего систему накрывает волна энергии, а игрок получает достижение "Величайший взрыв")
Машины класса Разрушитель (Машина) и Планетоид (Машина) начинают действовать более агрессивно, в разных частях системы постепенно просыпаются дополнительные юниты этих классов, а если Машин класса Извлекатель (Машина) остается мало, то пробуждаются и они тоже, восполняя количество Извлекатель (Машина) до 20